매매계약서 기납증 관세환급금 정산 시 영세율 적용 여부

저희는 A사로부터 물품을 매입해 수출하고 있어요. 특정 품목에 대해 과세(10%) 계산서를 발급받고 있고, 이에 따라 매매계약서에 의한 기납증도 교부받고 있어요. A사와의 합의로 관세환급금을 지급하기로 했는데, 보통 관세정산은 영세 계산서를 받아왔던 것과 달리 이번엔 A사가 과세 거래에 의한 관세정산이라며 과세로 진행하거나 계산서 없이 입금하는 방식 중 하나를 요청했어요. 참고로 찾아본 예규(부가, 부가1265-1362, 1979.05.02)에는 '수출품 생산자가 내국신용장에 의하여 재화를 공급받는 경우에 그 대가의 일부로 받는 관세환급금에 대해서는 영세율을 적용하여 세금계산서도 교부하여야 함'이라고 나와 있어요. 여쭤보고 싶은 점은 아래와 같아요. 1) 내국신용장에 의한 재화공급 시 관세환급금은 영세율이 적용된다고 확인했는데, 매매계약서에 의해 과세 계산서로 재화를 공급하는 경우에도 관세환급금에 영세율 적용이 가능한지 궁금해요. 2) 과세로 진행하면 부가세는 추후 환급 가능하지만, 실제 세관에서 환급받은 금액과 A사에 지급하는 금액이 달라서 관리에 어려움이 있어요. 다른 회사에서는 이런 경우 정산을 어떻게 하는지 궁금해요.