완제품 원료 국내전환판매에 따른 구매확인서 용도변경

구매확인서를 발급받은 뒤 용도를 변경해도 되는지 궁금해요. 상황은 이렇습니다. A사가 B사에 원료를 판매하면서 구매확인서를 발급하고 영세율 세금계산서를 발행했어요. B사는 이 원료로 완제품을 만들어 해외 C사에 판매할 계획이었는데, 전량 수출이 어려워져 일부를 국내에서 판매해야 하는 상황이 됐어요. 이 경우 몇 달 뒤에 구매확인서를 변경 신청하고, 국내로 전환된 판매분에 대해서는 면세분 세금을 자진 납부(부가세 등)하는 방식으로 처리하면 문제가 없을까요?