정상 발급된 구매확인서를 실수로 변경 처리한 경우 처리 방법

당사는 수출업체이며, 매입한 것은 매입한 달에 선적하고 있습니다. 구매확인증은 선적된 달 말일자로 매입처에 발급하고, 매입업체는 구매확인서 발급 날짜로 영세율세금계산서를 발급합니다. 특정 월(예: 전년도 10월) 매입분 구매확인증을 그 달 말일자로 발급했고 매입업체도 영세율세금계산서를 발급했는데, 다음 달 구매확인증 발급 시 오류로 앞선 구매확인증이 '변경'으로 전송된 것을 뒤늦게 확인했습니다(예: 최초 신규 금액이 이후 더 큰 금액으로 변경 전송됨). 부가세 신고가 지난 현시점에 이를 알게 되었습니다. 변경된 구매확인증의 금액을 수정하면 발급일이 몇 달 뒤로 잡히는데, 발급일자가 뒤로 밀리면 당초 월의 영세율세금계산서를 인정받지 못하는 것은 아닌지, 이런 경우 어떻게 처리해야 하는지 문의드립니다.